Vaikka monilla Jordanian kristityillä on suhteellisen suuri uskonnonvapaus verrattuna muihin Lähi-idän maihin, vainon uhka on silti hyvin todellinen heidänkin elämässään.
Jos muslimista kristityksi kääntynyt kertoo uskostaan julkisesti, se voi johtaa pahoinpitelyyn, pidätykseen tai jopa kuolemaan. Muut kuin perinteiset kirkot voivat joutua kokemaan viranomaisten häirintää, varsinkin jos ne evankelioivat ihmisiä aktiivisesti.
Jatkuvan uhan kristilliselle yhteisölle muodostavat islamilaiset ääriryhmät, joihin kuuluu Syyriasta ja Irakista palaavia jihadisteja.