Etelä-Sudanissa jännitteet etnisten ryhmien välillä ovat suuret. Tämä koskee erityisesti kahta suurinta etnistä ryhmää, dinkoja ja nuereja. Maan kahdesta poliittisesta ja sotilaallisesta johtajasta presidentti Salva Kiir on dinka ja Riek Machar on nuer. Vuosien 2013 ja 2019 välillä nämä kaksi ryhmää olivat osapuolina sotilaallisessa konfliktissa, joka teki syvän kuilun etnisten ryhmien välille.

Tilanne mutkistaa myös uskonnollista maantiedettä, koska 32 prosenttia väestöstä harjoittaa maan perinteisiä uskontoja. Tämä osa väestöstä on keskittynyt erityisesti maaseudulle. Vaikka maan perinteiset uskonnot eivät vastusta avoimesti kristinuskoa, niihin liittyvät omat kulttuuriset ja uskonnolliset rituaalinsa, jotka ovat usein ristiriidassa kristillisten arvojen kanssa. Kristinuskoon kääntyneet ovat sen takia usein vaikeassa tilanteessa. Etniset ryhmät painostavat heitä merkittävissä määrin osallistumaan perinteisiin rituaaleihin ja klaanin yhteisiin tapoihin. Kristittyjen haluttomuus osallistua johtaa usein siihen, että yhteisöt sulkevat heidät ulkopuolelle tai rankaisevat heitä vieläkin ankarammin.

Etelä-Sudan kärsii kaikkialle levinneestä korruptiosta. Sen korruptiota mittaava CPI-indeksi on huomattavasti alhaisempi kuin Saharan eteläpuolisen Afrikan jo sinällään alhainen keskiarvo. (Indeksin arvojen vaihteluväli on 0–100. Paras arvo (100) kuvaa tilannetta, jossa ihmiset kokevat vähiten korruptiota.)

Vaikka Etelä-Sudanilla on luonnonrikkauksia kuin öljyä, kultaa ja karjaa ja lisäksi pääsy Niilille, näitä resursseja on käytetty pikemminkin konfliktin lietsomiseen kuin maan kehittämiseen. Korkea-arvoiset virkamiehet keräävät itselleen rikkauksia muun väestön kustannuksella. Tämä johtaa ruokapulaan, joka vaikuttaa miljoonien ihmisten elämään.

Korruption kulttuuri antaa myös vapaat kädet niille, jotka haluavat vainota kristittyjä tai mitä tahansa muuta ryhmää. Maassa ei käytännössä ole mitään oikeusjärjestelmää, joka voisi tuomita rikollisia. Tilanteen seuraukset ovat äärimmäisen vakavat. Tämä käy ilmi ruokaturvattomuudesta kärsivien suuresta lukumäärästä: vuonna 2023 heitä oli maassa 7,7 miljoonaa.

Presidentti Salva Kiirin itsevaltaisuus on edistänyt sorron ja pelon ilmapiiriä. Vaikka hallituksen sortotoimenpiteitä ei olekaan kohdistettu suoraan kristittyihin, niillä on ollut merkittävä vaikutus maan väestöön, jossa kristityt ovat enemmistönä. Pyrkimyksissään vahvistaa valtaansa Kiir on usein yllyttänyt etnisiä ryhmiä taisteluihin toisiaan vastaan. Hän on myös erottanut määräajaksi tai poistanut kokonaan hallituksesta jokaisen, joka on vastustanut häntä. Laskelmoiva hallitsemistapa johti tuhoisaan sisällissotaan vuosina 2013–2019, jonka aikana hallituksen kannattajat joko suoraan vainosivat kristittyjä tai epäsuorasti sallivat vainon tapahtua.

Kansallisen yhtenäisyyden hallitus, joka aloitti virkakautensa vuonna 2020, ei ole tehnyt paljonkaan parantaakseen tilannetta. Presidentti Kiir on ilmoittanut aikovansa asettua ehdolle tämän vuoden presidentinvaaleissa, mikä tarkoittaaa, että maan epävakaa tilanne jatkuu.